Les Maures conquièrent la ville en 711. Elle devient le centre de Abel ar-Rahman qui fonda l' émirat de Cordoue en 756, puis d'un califat après avoir rompu tout lien avec les Abbassides de Bagdad.

De 785 à 987, les musulmans entreprennent la construction de la grande mosquée. L'apogée de la ville est atteinte en 929, lorsque l'omeyyade `Abd al-Rahman III établit le califat de Cordoue. En 858, remontant le Guadalquivir, le chef viking Hasting pille Cordoue.

Les règnes d'Abd al-Rahman III (912-961), de son fils Al-Hakam II (961-976) et Al-Mansur Ibn Abi Aamir (981-1002) constituent la période la plus glorieuse de l'histoire de la ville. Elle est alors la cité la plus peuplée, avec près de 250'000 habitants. La ville compte alors plus de mille mosquées et six cent bains publics.

Tout au long du X ème siècle, Cordoue sera l’égale de Bagdad, en dimension, en population et surtout en magnificence. Un effort systématique est entrepris pour constituer une bibliothèque contenant tous les ouvrages capitaux, anciens et récents connus à l’époque. Un réseau de dépisteurs, de collecteurs, de copistes, étendu à l’ensemble du monde islamique, achemine vers Cordoue une fabuleuse collection d’ouvrages, égale en importance à celle des califes abbassides. On cite le chiffre de 400 000 volumes. A Cordoue même une armée de scribes et de relieurs veillait à l’entretien de ces trésors.

Durant les années 1220 et 1230, le califat s'effondre et se divise en plus d'une dizaine de petits États, les taifas (arabe Tâ’ifa, pl. Tawâ’if : communauté). Leur rivalité les rendra vulnérables aux attaques chrétiennes.